Llamamos métodos biológicos para la transformación de la biomasa a la fermentación, en sus dos variedades: fermentación alcohólica y fermentación metánica.
La fermentación alcohólica es una técnica utilizada tradicionalmente con los azúcares. Se realiza en ausencia total de oxígeno y es originada por la acción de microorganismos que transforman los hidratos de carbono en alcoholes. Para nuestro estudio nos interesa la fermentación etílica de la celulosa y el almidón para obtener etanol. Sin embargo, se trata de un proceso muy costoso en energía, y la posterior utilización del metanol como combustible para motores de explosión nos da un balance energético global que suscita ciertas dudas.
La fermentación metánica, utilizada para la transformación de biomasa húmeda (más del 75%), es la descomposición anaeróbica por parte de bacterias acidófilas y metanogénicas de desechos orgánicos. Se produce en dos fases: una en la que se produce ácido acético, para posteriormente ser transformado, junto con dióxido de carbono, en metano. Así pues, es un proceso de transformación de biomasa en metano.

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